連鎖藥店在成立初期會遇到這樣或者那樣的問題，但是無論哪種困難都需要滿足廣大顧客對于藥品的需求。連鎖藥店需要制定出適合自己的發(fā)展戰(zhàn)略、公司經(jīng)營定位、顧客定位等。
人員運作管理：求才、育才、用才、留才等管理，包括總部與門店人員的招聘、任用、考核、晉升、職前訓練、各級儲備主管、訓練、升職訓練、出勤管理、請休假管理、人員輪調(diào)運作辦法。企業(yè)人員運作管理：人員的招聘、任用、考核、工資、人員輪調(diào)部分、門店可依其職能級別、授權門店各級主管處理而升遷、訓練部分，由總部訂立明確一致的運作辦法，使人力資源達到充分調(diào)度與一致管理并建立整體向心力。
商品管理：包括門店內(nèi)服務事項與組合、商品品項數(shù)、商品的銷售定價、變價、特價處理、商品的續(xù)訂、驗收、進貨、調(diào)撥、退貨、商品的淘汰、報損量、陳列量、商品庫存盤點等。門店銷售的商品與服務、淘汰與討價決定權、綜合在總部處理，而銷售藥品項數(shù)、續(xù)訂、庫存量、陳列量等，則可由各級主管依各店銷售差異自行決定。如此可使進貨成本降低，但又能符合各店商圈與特殊性的不同，能確保整體與運作彈性。
顧客管理：門店對顧客的服務事項，可由總部統(tǒng)一建立標準作業(yè)手冊，要求門店落實執(zhí)行，以確定一致的形象與客戶服務，建立一致的服務品質(zhì)，并能使企業(yè)的整體性受到顧客認同，就能得到好的口碑，使連鎖系統(tǒng)整體效益提高。
財務管理：以資金調(diào)度與運用效益而言，所有門店將每日營匯總至總部，由總部統(tǒng)籌運用調(diào)度。服務管理運作：錢財管理指門店收銀作業(yè)、備用金、找零錢管理與費用開支，貨款的核對與解交銀行。
服務管理：各門店于開店前、營業(yè)中、打烊后的注意事項，如清潔維護、商品陳列、顧客的接待技巧、禮節(jié)、禁忌，顧客的抱怨處理技巧，門店消防安全、防偷盜、防騙、防搶管理，防止急外傷害，設備使用、維修及保養(yǎng)、人員交接班、營業(yè)時間。
樣板店布點：對連鎖藥店樣板店前期的商圈調(diào)查與選址評估，商圈范圍界定、未來布點規(guī)劃與布點店數(shù)、裝潢、施工等。
營銷活動：連鎖藥店促銷活動，如：單店開幕促銷、特別促銷常態(tài)化、顧客的組織、會員辦理、海報、特價辦法等各種促銷活動。營銷活動運作上，門店促銷活動由總部統(tǒng)一規(guī)劃執(zhí)行，以確立門店的強大，可根據(jù)商圈的差異提供門店申請要求的單店促銷。
信息管理：總部與單店間會議、表單管理、財務設備管理、雜項費用請領、公務、財務、車輛管理、文書資料管理等。
廣告運作：有關企業(yè)整體的廣告公布規(guī)劃，由總部統(tǒng)籌運作，各門店配合執(zhí)行，廣告分多種多樣，如在當?shù)仉娨暸_統(tǒng)一發(fā)布品牌宣傳，總部統(tǒng)一參與公益活動、制作統(tǒng)一的DM單、健康知識手冊、單項活動宣傳等。
