連鎖藥店在發(fā)展中會遇到各種各樣的問題，這些問題處理得當會使企業(yè)得到飛速的發(fā)展。但是首先需要認清的是在連鎖藥店發(fā)展中會遇到哪些問題。
（一）經(jīng)濟發(fā)展起步晚，連鎖藥店市場吸引力弱。
我國的經(jīng)濟實力雖有進步，但總體水平還很低，居民收入并不高，大部分地區(qū)未達到藥店連鎖經(jīng)營的最低經(jīng)濟要求。消費需求較簡單，消費那種伴隨強勁消費需求的行業(yè)并不多見，其面臨的分銷問題不突出，而且此類需求的地區(qū)差異較大，在不同地區(qū)開展同類業(yè)務可能會面臨許多問題。我國市場上的競爭激烈程度還遠未達到西方的水平，存在著許多尚未滿足的市場機會，新企業(yè)加入現(xiàn)在的市場的難度低，藥店連鎖經(jīng)營的吸引力不強。
（二）連鎖藥店市場發(fā)育不完善，法律機制不健全。
我國的市場經(jīng)濟只經(jīng)過了二十多年的發(fā)展，并不成熟。市場條塊分割嚴重,地方保護主義盛行,致使生產(chǎn)要素在市場上的流動存在著各種障礙。企業(yè)的自主經(jīng)營權(quán)常會受到行政行為的干涉。立法雖有很大改善，但不完備的地方還很多。執(zhí)法力度不夠，公民的法律意識淡薄，違法合同的情況時有發(fā)生。
（三）現(xiàn)代資訊工具普及程度低，加盟體系運作效率差。
條形碼在我國使用比率不高，而且大多數(shù)是店內(nèi)碼，通行的原碼不多。加盟總部和加盟店之間沒有用計算機聯(lián)網(wǎng)，大都靠電話傳遞信息,POS和EOS的運行率低，大都依靠人工操作。我國企業(yè)普遍缺少大規(guī)模的物流體系，交通運輸，倉儲等條件滯后。加盟店的存貨量一般較多,這占用了大量資金，也降低了加盟體系的運作效率。總部和加盟店之間信息傳遞往往單向性，大都是總部從加盟店獲得資料，而加盟店則很少從總部得到信息支持，削弱加盟店的競爭力和計劃性。這也就是現(xiàn)在連鎖藥店"連而不鎖"的原因。
（四）尚未形成獨有品牌形象，連鎖經(jīng)營體系缺少核心力。
在西方國家，藥店經(jīng)營一般都是先建立品牌才發(fā)展連鎖，而我國品牌戰(zhàn)略剛起步，大部分企業(yè)仍未建立形象，即使有也不成熟。而企業(yè)僅靠一定的知名度和政府的優(yōu)惠政策倉促上馬，妄圖以連鎖帶動品牌。其結(jié)果適得其反，將精力過多停留在連鎖廣告的宣傳，忽略了藥店品牌本身的建設(shè)。
（五）審核不嚴，連鎖經(jīng)營體系成分混亂。
連鎖藥店經(jīng)營對加盟條件的審核是嚴格的，而我國的企業(yè)把連鎖經(jīng)營當成快速聚斂財富的工具，加盟總部沒有詳細的考察申請者的背景、能力，而加盟者也沒有考察加盟總部的經(jīng)驗，方針等。雙方快速簽定合同，操作上的盲目性導致合作中時有摩擦。加盟店數(shù)量的增加,只帶來連鎖運營體系的負擔，管理上的混亂，反而造成規(guī)模不經(jīng)濟。
