單體藥店因為經(jīng)營者的自主意識占據(jù)主體，所以與連鎖藥店相比有一定的優(yōu)勢，比如：自主操控性強、實施新方案進度快等。但是單體藥店也有它自身的劣勢，這些劣勢到底有哪些呢？
1、國家政策不利單體藥店
（1）、藥品零售的分類管理，處方藥受限，"處方藥須憑處方購買"、"精神類藥品不可經(jīng)營"等政策。使得很多藥店的生意額下降最多達到1/3；
（2）、由于國家政策的導向，2006年以來，社區(qū)衛(wèi)生服務機構不斷擴大市場份額，連鎖藥店和單體藥店均面臨客戶流失，尤其是醫(yī)保類客戶流失的難題；
（3）、國家醫(yī)藥行業(yè)十一五規(guī)劃中又明確鼓勵發(fā)展連鎖，全國藥店連鎖化程度也在大幅度提高。
2、競爭因素不利于單體藥店：
發(fā)展迅速的連鎖藥店正越來越像醫(yī)藥市場的"主力軍"，嚴重沖擊單體藥店，連鎖藥店都是一條龍、一次性的向廠家訂貨，一次性把藥放在自己連鎖中銷售，還有自己的貼牌產(chǎn)品，他們有了高利潤，控制市場以大吃小，回過頭來做服務，拿品牌藥來開刀降價，大打價格戰(zhàn)，宣傳他們是零利潤，使原來單體零售藥店的大部分消費者紛紛轉移購買地點。與此相比，單體藥店無論是銷售規(guī)模還是企業(yè)實力都與這些"主力軍"相去甚遠，只能在夾縫中生存。
另外，連鎖藥店有采購成本優(yōu)勢，可以總代理、可以要求廠家直供連鎖，可以占壓供應商資金，可以要求廠家提高力度協(xié)助其促銷。另外連鎖藥店還具有管理優(yōu)勢，他們有定期培訓機制，廠家也愿意協(xié)助其培訓，這些都是社會單體藥店不具備的。
3、單體藥店自身的不足因素
①、是進貨渠道單一。單體藥店由于資金運轉周期長、進貨量少，不能吸引批發(fā)企業(yè)在銷售策略方面給予傾斜，因而限制了貨源的范圍，購進質優(yōu)價廉產(chǎn)品的余地不大。
②、是藥價相對高。單體藥店自主購進藥品，因進貨價格相對較高，加之實行獨立的成本核算，經(jīng)營成本相對高于連鎖企業(yè)門店，使得藥品零售價格偏高。
③、是市場信息欠靈通。單體藥店通常是"單打獨斗"，相互之間缺乏溝通，時常不能及時地獲得市場信息，以致影響經(jīng)營措施的及時有效調(diào)整。
④、是業(yè)務知識更新慢。單體藥店人員少，且不能正常流動，接受的正規(guī)培訓少。
⑤、是抵御風險能力差。單體藥店是醫(yī)藥商海中名副其實的"獨木舟"，獨自承受來自各方面的壓力，他們深感勢單力薄、舉步維艱，在與連鎖企業(yè)和醫(yī)療機構的競爭中往往處于劣勢，有的慘淡經(jīng)營，有的被迫下馬。
4、藥品生產(chǎn)企業(yè)的冷眼相待。
因為資金實力小，銷量小，經(jīng)營場地小，大品牌的醫(yī)藥企業(yè)往往不愿意將單體藥店作為主要終端，認為投入產(chǎn)出比不合理，既無人員支持，也無促銷支持。這進一步將單體藥店推向了尷尬的境地。
